种子萌发的过程分为吸胀阶段、萌动阶段和发芽阶段。1、吸胀阶段：种皮吸收水分和变软，这样有利于外界水分进去种胚。2、萌动阶段：由于种胚细胞的分裂，细胞数目迅速增多，体积迅速变大，胚根顶破种皮而出。3、发芽阶段：胚继续生长，胚根的生长加快，之后子叶和胚芽伸出种皮。
大多数种子先出胚根，接着长出胚芽。长成幼苗以后长出根、茎、叶，形成幼苗。有些植物如棉花、油菜、瓜类、菜豆等的种子萌发时下胚轴伸长，把子叶顶出土面，形成子叶出土幼苗。
种子萌发是指种子从吸胀作用开始的一系列有序的生理过程和形态发生过程，种子的萌发需要适宜的温度，适量的水分，充足的空气。
种子萌发时，首先是吸水。种子浸水后使种皮膨胀、软化，可以使更多的氧透过种皮进入种子内部；其次是空气，只有种子不断地进行呼吸，得到能量，才能保证生命活动的正常进行；最后是温度，温度过低，则呼吸作用受到抑制，种子内部一系列的生理活动，都需要在适宜的温度下进行。
