1、选择开花旺盛的雄花，用毛刷将花粉刷入干燥的小碟内，然后再同样取雌花的花粉，将雌花与雄花的花粉混合后，轻轻涂抹在雌花的花柱上；2、或者将雄花的花朵摘下，将花朵直接套在雌花上，使雄花的花粉自然掉落到雌花上，以完成授粉；3、还可以把雄花的花蕊放在雌花的花柱上轻轻摩擦，这样也可达到人工授粉的目的。
南瓜藤进行人工授粉最好在早上8点前进行，在进入开花期时，初期以雄花为主，可在早晨花朵将开未开时将雄花连花梗一并摘下，供食用。雌花开始生长时，要追施的腐熟有机肥，以磷钾肥为主，并减少或停止采收嫩茎尖。
通常南瓜每株有3~5个瓜正常生长即可，过多的幼瓜或雌花要疏去，并对茎蔓进行适当打顶，以免养分供应不足。
若藤蔓上的瓜生长较大时，可用网兜套好挂在牢固处，贴近地面的瓜则可使用泡沫塑料或木板等物品，将南瓜与土壤隔离，以免影响南瓜的生长。
